풍남문은 한국 최초의 순교자 윤지충과 권상연 그리고 호남의 사도 유항검과 초대 전주 지방 교회의 지도급 인물들이 순교한 곳입니다. 호남의 사도 유항검과 그의 동료들이 복음 전파에 온 힘을 쏟고 있던 1790년경 조선의 천주교인들에게는 처음으로 큰 시련이 닥쳐왔습니다. 천주교의 전례와 유교 의식간의 충돌이라 할 수 있는 제사 문제가 발생한 것입니다. 1790년 두 번째로 북경에 파견된 윤유일은 조상 제사 금지라는 회신을 갖고 왔고, 이로부터 소위 ‘진산 사건’으로 알려진 한국 교회 최초의 순교사가 시작되었습니다.

1791년(신해년) 여름, 진산에 살던 진사 윤지충 바오로는 모친상을 당하자 외종사촌인 권상연 야고보와 상의하고 모친의 유언과 교회의 가르침에 따라 유교식 장례와 제사를 폐하고 신주를 불태웠습니다. 그 후 전통 사상을 거스르는 이 행위는 천주교 박해의 구실이 되었고, 그해 12월 8일(음력 11월 13일) 윤지충과 권상연이 남문 밖으로 끌려나가 참수형을 받고 순교했습니다. 그 후 1914년 외형공사를 마친 전동 성당을 지을 때 일제가 신작로를 내기 위해 풍남문 성벽을 헐어낸 흙과 돌을 가져다 성당의 주춧돌로 사용했습니다. 윤지충과 권상연, 유항검은 모두 2014년 8월 16일 서울 광화문 광장에서 프란치스코 교황에 의해 시복되었습니다.